Auf ihrer Fahrt passierte die Elektrische Kleinbahn zahlreiche Bäche und auch einen Fluss. Die nachfolgende Tabelle (mit den aktuellen Ortsbezeichnungen) soll dies für die Überlandlinie veranschaulichen:

Ort der Querung Wen oder Was
1 Hettstedt Den "Mühlgraben" Höhe Mühlgrabenstraße.
2 Hettstedt Die "Wipper" kurz nach dem Postamt in Richtung Markt.
3 Hettstedt
OT Burgörner Altdorf / Molmeck
Den "Stockbach" Höhe Stockhausstraße.
4 Hettstedt
OT Burgörner Altdorf / Molmeck
Die "Wipper" in Höhe der ehemaligen Zentralen Elektro - Werkstadt (ZEW).
5 Hettstedt
OT Burgörner Altdorf / Molmeck
Ein Entwässerungsgraben aus dem Werksgelände des Kupfer- und Messingwerkes.
6 Mansfeld Lutherstadt
OT Leimbach
Die "Wipper" kurz nach dem Parkplatz des Supermarktes in Richtung Großörner.
7 Mansfeld Lutherstadt
OT Leimbach
Den "Talbach" Höhe Talbachstraße.
8 Mansfeld Lutherstadt Den "Flutgraben" auf Höhe des Friedhofes.
9 Mansfelder Grund-Helbra
OT Ahlsdorf
Den "Vietzbach" im Verlauf der abbiegenden Hauptstraße Richtung Helbra.
10 Mansfelder Grund-Helbra
OT Ahlsdorf
Den "Dippelsbach" im Bereich des Lindenplatzes.
11 Mansfelder Grund-Helbra
OT Hergisdorf
Den "Kliebigbach" Höhe Hüttenhof.
12 Mansfelder Grund-Helbra
OT Hergisdorf
Die "Böse Sieben" im Bereich des Sportplatzes Kreisfeld.
13 Mansfelder Grund-Helbra
OT Wimmelburg
Die "Böse Sieben" am Ortsausgang nach Kreisfeld.
14 Mansfelder Grund-Helbra
OT Wimmelburg
Die "Böse Sieben" am Ortseingang aus Eisleben im Verlauf der ehemaligen B80.
15 Lutherstadt Eisleben Die "Böse Sieben" auf Höhe Bahnhofstraße / Grösslerstraße im Verlauf der Halleschen Straße.
16 Lutherstadt Eisleben Den "Hünschen Born" auf Höhe Untere Parkstraße / Kleine Landwehr im Verlauf der Halleschen Straße.
17 Lutherstadt Eisleben Den Bach "Kalter Graben" auf Höhe der Straße "Am Kalten Graben" zwischen oberer und unterer Halleschen Straße.
18 Lutherstadt Eisleben
OT Helfta
Den "Hüttengrundbach" auf Höhe der sogenannten Gutsbrücke im Verlauf der Hauptstraße.

Die Bach- und Flussquerungen nimmt man bei der Fahrt mit dem PKW entlang der ehemaligen Trasse kaum wahr. Einige Bäche führen nicht ständig Wasser, so zum Beispiel der "Hünsche Born" in Eisleben. Auch wurden ein paar namenlose Entwässerungen nicht in die Aufstellung übernommen, obwohl sie ständig Wasser führen. So zum Beispiel der ehemalige Mühlgraben im Bereich des Eislebener Planes und die Entwässerung aus dem ehemaligen Kraftwerksgelände der Krughütte in Eisleben Höhe Tankstelle. Der Mühlgraben in Eisleben ist komplett abgedeckt und dient heute nur noch zur Ableitung von Niederschlagswasser. Das Wasser vom ehemaligen Kraftwerksgelände stammt möglicher Weise auch zu einem Teil aus dem darüber liegenden Stiftsteich.